A organização terrorista originou-se da fusão entre dois grupos em 2013. Uma parte de seus combatentes esteve na ocupação da região norte do Mali em 2012, quando o governo do país solicitou ajuda internacional para rechaçá-los. A ONU autorizou a missão militar estrangeira e a França encabeçou a empreitada, intervindo militarmente dentro do país.

O al-Murabitun também é formado, em boa parte, por Tuaregs provenientes da Líbia. Eles fugiram do país por causa da onda de desestabilização provocada pelas potências ocidentais lideradas pelos Estados Unidos para derrubar o então presidente líbio Muammar Gadafi.

Durante o governo de Gadafi, os Tuaregs vivam tranquilamente em seu povoados e tinham seus direitos garantidos, e na invasão imperialista de 2011 eles combateram ao lado da resistência. Porém, após a queda de Gadafi e a recolonização da Líbia pelo capital estrangeiro, que gerou um total retrocesso do país transformado em terra de ninguém, os Tuaregs líbios foram expulsos pelos “rebeldes” financiados pela OTAN.

A intervenção imperialista na Líbia, primeiramente com o treinamento e financiamento de mercenários e militares estrangeiros chamados pelo imperialismo de "rebeldes que lutavam pela liberdade e democracia", e depois com a efetiva intervenção de forças militares da OTAN encabeçadas pelos EUA, deixou a Líbia devastada, com um grande massacre de civis. Após reconquistarem o petróleo e outras riquezas naturais que pertenciam ao povo líbio, as potências ocidentais deixaram o país nas mãos desses "rebeldes", que degladiam-se pelo poder até hoje. Atualmente o país que detinha o melhor IDH da África (maior que o do Brasil, inclusive) não passa de uma terra arrasada, tornando-se uma nova Somália. A Líbia hoje é refúgio de diversos grupos terroristas, como o Estado Islâmico, uma terra sem leis onde o povo voltou a ter a vida miserável que tinha antes da Revolução de 1969 liderada por Gadafi.

Obrigados a se refugiarem em outras localidades, muitos Tuaregs encontraram espaço em regiões controladas por grupos extremistas do norte da África, em especial o Mali. Atualmente existem vários grupos radicais naquela região, que vêm atuando há anos no local. Ataques terroristas ocorrem com certa frequência, principalmente no norte do país.