Separada da pequena Faixa de Gaza, em um território maior, mas todo retalhado por ocupações israelenses, a Cisjordânia é governada pelo Fatah. Mais moderado ainda do que o Hamas, a partir de 2008 o Fatah tratou de liquidar seu braço armado, as Brigadas dos Mártires de Al-Aqsa. (O nome se refere à Mesquita de Al-Aqsa, em Jerusalém, terceiro lugar santo mais importantes do Islã, depois de Meca e Medina). A operação foi levada adiante com uma defesa dos políticos do Fatah de uma "terceira via", alternativa ao confronto com Israel nos territórios ocupados.

A desmilitarização da Resistência promovida pela Autoridade Palestina (AP) na Cisjordânia levou a um acordo de anistia com Israel. Os militantes armados seriam anistiados, inclusive os que mataram soldados israelenses, caso depusessem as armas. Parte dos militantes ganharam anistia total, outros foram obrigados a se submeter a uma prisão condicional, podendo sair às 7h da manhã de centros de detenção mantidos pela AP, e tendo que voltar à noite para dormir encarcerados. Apesar de cumprirem o acordo e terem sido supostamente anistiados, vários militantes das Brigadas foram assassinados pelas Forças de Defesa de Israel (FDI).

Os políticos prometiam "desenvolvimento" para a Cisjordânia, em troca da contenção da Resistência armada. Com o passar dos anos, o desenvolvimento nunca chegou, e a população se frustrou com as promessas do Fatah. Com isso surgiu uma pressão por um ressurgimento de uma resistência armada. Nos recentes ataques a Gaza, alguns conflitos armados com a ocupação israelense na Cisjordânia voltaram a acontecer, diante da repressão israelense contra os protestos da população pelo massacre na Faixa de Gaza. A velocidade com que militantes se organizaram para esses confrontos, usando armas, sugere a conivência das forças palestinas de segurança. Pressionado pela população, o Fatah está sendo obrigado a rearmar os militantes dispostos a resistir à ocupação.

Coalizão do Fatah e do Hamas

Antes do massacre em Gaza começar, o Fatah e o Hamas entraram em um acordo, para fazer um governo palestino de coalizão. Diante desse movimento, Israel procurou criar um pretexto para atacar a Faixa de Gaza, para minar a coalizão entre os dois partidos. O governo israelense acusou o Hamas pelo sequestro de três adolescentes, que nunca foi reivindicado por ninguém. Centenas de políticos palestinos foram presos, e poucos dias depois de os três jovens serem encontrados mortos o genocídio em Gaza começou.